La gouvernance du PEPR (cf. schéma 3), portée par les organismes pilotes, s’articule autour d’un Comité Stratégique Institutionnel (CSI), d’un Collège des Parties Prenantes (CPP) et d’un Conseil Scientifique (CS). L’équipe de gouvernance et d’animation s’appuie sur ces instances pour assurer un programme qui réponde aux attentes des chercheurs, mais aussi de la société. La gouvernance du PEPR et sa production sont évalués par le Comité Scientifique et Technologique de Programme (CSTP), en lien avec l’ANR.

Le Comité Scientifique (CS)

Il est composé de chercheurs français de notoriété internationale reconnus pour leurs travaux sur la ville durable et le bâtiment innovants. Il se réunit au moins une fois à l’occasion de la conférence annuelle. Ce comité Scientifique a pour mission :
•    d’émettre des avis consultatifs sur le contenu des appels à projets ;
•    de suivre et d’émettre des recommandations sur les projets retenus ;
•    de suivre et d’émettre des recommandations sur les activités d’animation et des centres opérationnels.
Le Conseil Scientifique sera mobilisé de manière plus conséquente pour émettre des recommandations sur l’appel à projet et tout au long de la production des consortiums qui répondront à l’appel à projets de recherche et qui seront retenus. Les recommandations donnent lieu à un tableau de bord qui sera réévalué en continue et présenté chaque année.

Le Comité Stratégique Institutionnel (CSI)

Il est présidé par les organismes pilotes et comprend des représentants de la communauté scientifique nationale ainsi qu’un représentant du Secrétariat Général pour l’Investissement (SGPI) et un représentant de l’Agence Nationale de la Recherche (ANR). Le CSI assure les missions suivantes :
•    le pilotage institutionnel et opérationnel du PEPR ;
•    le bon déroulement du programme et l’identification des éventuelles réorientations de l’activité ;
•    l’accompagnement de l’opérateur (Agence Nationale de la Recherche – ANR) pour la validation des appels à projets - pré-proposition et proposition détaillée – (programme scientifique, critères d’évaluation des projets).
Le CSI s’appuie sur les Directeurs de programme en charge de la mise en œuvre du programme et de son animation scientifique. Le CSI est réuni une fois par an, à l’occasion des conférences annuelles. Il sera constitué dès le lancement du PEPR avec les universités et centres de recherche les plus pertinents a priori afin de favoriser la mobilisation nationale autour de la mise en œuvre des VDBI. 
Le Comité Stratégique Institutionnel est complémentaire du Comité Scientifique. Ces deux comités doivent veiller à assurer les meilleures conditions, notamment la plus grande agilité, pour les activités de veilles et d’animation tout au long du programme.

Le Collège des Parties Prenantes (CPP)

Le collège des Parties Prenantes comprend des représentants de la communauté nationale provenant de collectivités locales, d’associations et d’entreprises qui font référence pour ce PEPR, ainsi que les directeurs de programmes. Ce comité se réunit une fois par an, à l’occasion des conférences nationales. Outre les échanges nourris lors de ces réunions annuelles, il permet de prolonger les échanges en permanence pendant toute la durée du programme. 
Il est présidé par l’une des parties prenantes, désignée par tous les autres. 
Ainsi, symétriquement au Comité Stratégique Institutionnel, il s’assure que les problèmes de mise en œuvre des solutions VDBI sont bien pris en compte dans les projets de recherche. Son rôle consiste à faire remonter les problèmes de mise en œuvre des objectifs VDBI dans les territoires urbanisés et de contribuer ainsi à favoriser une recherche tirée par l’aval. 
L’un et l’autre de ces comités (CSI et CPP) contribuent symétriquement :
•    à l'évaluation de l'impact des résultats proposés par les projets (à 1 à 5 ans) et ce tout au long du processus de recherche et lors des journées annuelles ; 
•    à l'identification des projets susceptibles d'être accompagnés pour une prématuration (accélération TRL). 
Il est attendu du Collège des Parties Prenantes qu’il stimule (qu’il « challenge ») les projets de recherche et qu’il contribue à la méthodologie d'évaluation des scénarios d'action publique et aux modèles et simulations VDBI (dans le cadre des collaborations avec les centres opérationnels Méthodes d’Évaluation et Scénarios d’Actions Publiques - MESAP et Modélisation Villes Durables et Bâtiments Innovants - MISCIB).